TimeMachine等のアプリを使えば簡単にバックアップをとることができますが、手動のやり方を覚えておくと何かと便利...というか何か問題が発生した時に重宝するのでメモ。
※これらの操作は、アプリが終了している状態で行う。
Safari
Appleサポートより抜粋
バックアップの方法：このファイルのコピーを別の場所に作成するには、option キーを押しながら“Bookmarks.plist”ファイルを別の場所（例えばデスクトップなど）にドラッグします。オリジナルのファイルはそのままの 場所に残ったままです（対象となるフォルダのオリジナルファイルを別の場所に移動すると、「Safari」のブックマークが消えてしまいます！）。
このファイルを圧縮してアーカイブを作成するという方法もあります。Finder で“Bookmarks.plist”を選択して、「ファイル」メニューの「アーカイブを作成」を選択します。オリジナルのファイルは、そのままの場所に残ります。
リストアの方法：“Bookmarks.plist”のバックアップを“~/ライブラリ/Safari/”フォルダに移動するだけです。アーカイブからリストアする場合には、ファイルの解凍解除を忘れないでください（ファイルをダブルクリックするだけです）。
とのことですが、現在のSafariには拡張機能やTopSiteといった機能が追加されていて、一つずつバックアップするのは面倒なので~/ライブラリ/Safariごとコピー。
$ cp ~/ライブラリ/Safari コピー先
リストア
Safariフォルダを丸ごと置き換えるか、フォルダ内の必要な物だけ置き換える。
私の場合は、下のファイルやフォルダを戻します。
Bookmarks.plist
ブックマーク
TopSites.plist
Top Siteに登録してるサイト
Extensions
インストールしたSafari拡張機能。
※フォルダを戻しても有効にならない場合はフォルダ内にあるプラグインをダブルクリックして、もう一度インストールし直す。
SafariStand
SIMBLプラグインのSafariStandの設定関連。 SafariStandを入れていなければ、このフォルダは存在しません。
アドレスブック
アドレスデータをバックアップ。メニューバーの「ファイル」「書き出す...」から「アドレスブックのアーカイブ...」を選択し、ファイルの保存先を選び保存。
リストア
アドレスブックを起動し、メニューバーの「ファイル」「読み込む...」を選択。
表示されたダイアログでバックアップファイル（ファイル拡張子 .abbu）の置かれているフォルダまで移動し、ファイルを選択してから「開く」をクリック。
もしくは、バックアップしたファイルをダブルクリック。
iCal
カレンダーのバックアップ。メニューバーの「ファイル」「書き出す...」から「iCalアーカイブ...」を選択し、ファイルの保存先を選び保存。
リストア
iCalを起動し、メニューバーの「ファイル」「読み込む...」を選択。
表示されたダイアログでバックアップファイル（ファイル拡張子“.icbu”）の置かれているフォルダまで移動し、ファイルを選択してから「開く」をクリック。
もしくは、バックアップしたファイルをダブルクリック。
キーチェーン
キーチェーンファイルのバックアップ。バックアップする前に、Keychain First Aidを実行し、キーチェーンの設定とアクセス権を修復しておく。
修復したら、~/ライブラリ/Keychainsフォルダをコピー。
リストア
バックアップしたキーチェーンファイルを~/ライブラリ/内に戻す。
キーチェーンを起動し、メニューバーの「編集」から「キーチェーンリスト」をクリック。
使用するキーチェーンを選択し、「OK」をクリック。
~/ライブラリ/Preferences/com.apple.mail.plistと、~/ライブラリ/Mailの2つをコピー
リストア
com.apple.mail.plistを~/ライブラリ/Preferences/フォルダ内に戻す。
Mailフォルダを~/ライブラリ/内に戻す。
参考リンク：Mac OS X 10.4 の重要なファイルをバックアップおよびリストアする方法
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